台灣光復初期因人民不諳法令，且地政機關人員法治觀念未臻健全，致有權利內容不符或與現行法令規定不符之　地籍登記，為澈底解決上述地籍問題，內政部爰制定「地籍清理條例」，經總統於96年3月21日公布，並於97年7月1日施行，以健全地籍管理，確保民眾財產權益 2.地籍清理主要解決之問題有下列幾項：

• 日據時期會社或組合名義登記土地之清理。
• 神明會名義登記土地之清理。
• 所有權以外土地權利之清理。(如抵押權、地上權、典權、賃借權…等）
• 限制登記及土地權利不詳之清理。
• 寺廟或宗教團體土地之清理。

直轄市、縣(市)政府清查有關地籍後，應公告90日，土地權利人、利害關係人可以到下列公告處所得知：

• 直轄市或縣(市)主管機關。
• 土地所在地鄉(鎮、市、區)公所、村(里)辦公處所。
• 土地所在地政事務所。
• 土地登記簿所載土地權利人住所地之村(里)辦公處所。但無從查明者，不在此限。

依地籍清理條例施行細則第6條第1項及第2項前段規定，土地權利人、利害關係人或相關機關，發現公告事項有清查遺漏或錯誤時，應於公告期間內，檢附相關證明文件向直轄市或縣(市)主管機關申請查明。經直轄市或縣(市)主管機關查明屬清查遺漏者，應就遺漏之土地補行公告90日；屬清查錯誤者，應就更正之土地重新公告90日。

為澈底清理目前已存在之權利內容不完整或與現行法令規定不符之地籍登記，經釐清權利內容及權屬後，應重新辦理登記；其未能釐清權利內容及權屬者，應予標售或處理。神明會之土地或建物，如經直轄市、縣(市)政府清查地籍並公告受理申報之期間，屆期無人申報， 依地籍清理條例第11條規定，除公共設施用地外，由直轄市、縣(市)政府代為標售。另外，如經申報或申請登記而被駁回，且屆期未提起訴願或訴請法院裁判；或經訴願決定或法院裁判駁回確定等情形之神明會土地或建物，亦由直轄市、縣(市)政府代為標售。直轄市、縣( 市)政府將代為標售土地價金，儲存於保管款專戶，權利人自儲存之日起10年內，得檢附證明文件申請發給土地價金。

依地籍清理條例第24條規定，神明會申報人於收到直轄市、縣(市)政府民政單位(機關)驗印之神明會現會員或信徒名冊、系統表及土地清冊後，應於3年成立法人並向地政事務所申辦法人更名登記，或者向地政事務所申辦登記為現會員或信徒分別共有或個別所有。如屆期未向地政事務所申請登記，則直轄市、縣(市)政府逕依現會員或信徒名冊， 囑託地政事務所均分登記為現會員或信徒分別共有。

條例規定，將欲清理之土地分成14類，茲分述如下：

• 本條例施行前已依有關法令清理之神明會土地，於本條例施行後仍以神明會名義登記者
• 以神明會名義登記者或具有神明會之性質及事實者
• 38年12月31日以前登記之抵押權
• 34年10月24日以前登記之限制登記
• 38年12月31日以前非以法定物權名稱登記者
• 45年12月31日以前登記之地上權
• 以日據時期會社或組合名義登記者
• 土地總登記時或金門、馬祖地區實施戰地政務終止前，登記名義人之姓名、名稱或住址記載不全或不符者
• 各共有人登記之權利範圍合計不等於一者
• 以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地，現為依法登記之募建寺廟或宗教性質之法人使用，且能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者
• 以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地，現為依法登記之募建寺廟或宗教性質之法人使用，未能證明係同一主體者
• 日據時期為寺廟或宗教團體所有，為日本政府沒入，於本條例施行時登記為公有之土地
• 原以寺廟或宗教團體名義登記，於34年10月24日前改以他人名義登記者
• 非以自然人、法人或依法登記之募建寺廟名義登記者，除神明會、日據時期會社或組合、祭祀公業外 另本條例第41條規定：已登記建築改良物權利之清理，準用本條例之規定。

依「地籍清理實施計畫」將各類型土地（建物）按其筆數、清理難易程度及其性質，計畫以6年期程（自97年1月1日起至102年12月31日）完成。各年度清理土地（建物）類型如下：

• 97年度： （一）神明會土地。 （二）38年12月31日以前登記之抵押權。
• 98年度： （一）34年10月24日以前登記之限制登記。 （二）38年12月31日以前非以法定物權名稱登記者。 （三）45年12月31日以前登記之地上權。 （四）以日據時期會社或組合名義登記者。
• 99年度： （一）登記名義人之姓名、名稱或住址記載不全或不符者。 （二）寺廟或宗教團體土地。
• 100年度： （一）各共有人登記之權利範圍合計不等於一者。 （二）神明會及會社土地（建物）標售。
• 101年度： （一）非以自然人、法人或依法登記之募建寺廟名義登記者，除 神明會、日據時期會社或組合、祭祀公業外。 （二）神明會、會社及登記名義人之姓名、名稱或住址記載不全或不符土地（建物）標售。
• 102年度起 ：神明會、會社、登記名義人之姓名、名稱或住址記載不全或不符及非以自然人、法人或依法登記之募建寺廟名義登記者，除 神明會、日據時期會社或組合、祭祀公業外等土地（建物）標售。

茲就14類土地（建物），主要清理程序分述如下：

• 本條例施行前已依有關法令清理之神明會土地，於本條例施行後仍以神明會名義登記者 本條例施行之日起3年內申請登記→逾期逕為均分登記
• 以神明會名義登記者或具有神明會之性質及事實者 清查→公告→申報→公告→主管機關驗印→申請登記→逾期未申請者標售
• 38年12月31日以前登記之抵押權 清查→公告→申請塗銷→公告→塗銷登記
• 34年10月24日以前登記之限制登記 清查→公告→申請塗銷→公告→塗銷登記
• 38年12月31日以前非以法定物權名稱登記者 清查→公告→逕為塗銷登記
• 45年12月31日以前登記之地上權 清查→公告→申請塗銷（須先會勘）→公告→塗銷登記
• 以日據時期會社或組合名義登記者 清查→公告→申請更正登記→逾期未申請者標售
• 土地總登記時或金門、馬祖地區實施戰地政務終止前，登記名義人之姓名、名稱或住址記載不全或不符者 清查→公告→申請更正登記→逾期未申請者標售
• 各共有人登記之權利範圍合計不等於一者 清查公告→申請更正登記→未申請者逕為更正登記
• 以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地，現為依法登記之募建寺廟或宗教性質之法人使用，且能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者 公告→向主管機關申報→公告→發給證明書→申請更名登記
• 以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地，現為依法登記之募建寺廟或宗教性質之法人使用，未能證明係同一主體者 公告→向主管機關申請讓售→公告→限期繳款，發給移轉證明書→申請移轉登記
• 日據時期為寺廟或宗教團體所有，為日本政府沒入，於本條例施行時登記為公有之土地 公告→向土地管理機關申請贈與→申請移轉登記
• 原以寺廟或宗教團體名義登記，於34年10月24日前改以他人名義登記者 公告→申報→公告→發給證明書→申請更名登記
• 非以自然人、法人或依法登記之募建寺廟名義登記者，除神明會、日據時期會社或組合、祭祀公業外 清查→公告→申請更正登記→逾期無人申請者標售

本條例11條：以日據時期會社或組合、神明會、登記名義人之姓名、名稱或住址記載不全或不符、非以自然人、法人或依法登記之募建寺廟名義登記之土地，除公共設施用地外，由主管機關代為標售：

• 屆期無人申報或申請登記。
• 經申報或申請登記而被駁回，且屆期未提起訴願或訴請法院裁判。
• 經訴願決定或法院裁判駁回確定。 前項情形，相關權利人有正當理由者，得申請暫緩代為標售。

標售土地前，應公告三個月。前項公告，應載明前條之優先購買權意旨，並以公告代替對優先購買權人之通知。優先購買權人未於決標後十日內以書面為承買之意思表示者，視為放棄其優先購買權。

另應於國庫設立地籍清理土地權利價金保管款專戶，保管代為標售或代為讓售土地之價金。前項價金，扣除5％行政處理費用、0.5％地籍清理獎金及應納稅賦後，以其餘額儲存於保管款專戶。

標售之土地，經二次標售而未完成標售者，登記為國有。

標售之土地，其優先購買權人及優先順序如下：
一、地上權人、典權人、永佃權人、農育權人。
二、基地或耕地承租人。
三、共有土地之他共有人。
四、本條例施行前已占有達十年以上，至標售時仍繼續為該土地之占有人。
前項第一款優先購買權之順序，以登記之先後定之。

權利人自專戶儲存之保管款儲存之日起十年內，得檢附證明文件向主管機關申請發給土地價金；審查無誤，公告三個月，期滿無人異議時，按標售土地之價金扣除應納稅賦後之餘額，並加計儲存於保管款專戶之實收利息發給之。前項期間屆滿後，專戶儲存之保管款經結算如有賸餘，歸屬國庫。
登記為國有之土地，權利人自登記完畢之日起十年內，得檢附證明文件向主管機關申請發還原登記名義人全部權利範圍之土地；經審查無誤，公告三個月，期滿無人異議時，囑託登記為權利人所有。

公告期間內，土地權利關係人得以書面向該管登記機關提出異議，並應檢附證明文件；經登記機關審查屬土地權利爭執者，應移送主管機關調處。 前項調處，準用土地法第三十四條之二規定，進行調處。不服調處者，得於收受調處結果通知次日起三十日內，向管轄法院提起訴訟；屆期未提起訴訟者，依原調處結果辦理。

主管機關：中央為內政部；直轄市為直轄市政府；縣（市）為縣（市）政府。

登記機關：指土地所在地之直轄市或縣（市）地政事務所。

臺灣光復之初遺有以日據時期會社、組合、神明會名義登記等地籍登記不完整或與現行法令規定不符之情形，因該等情形存在已久，不僅影響土地之有效利用，亦妨礙民眾財產權利之行使。內政部為澈底解決上述地籍問題，爰制定「地籍清理條例」，經總統於96年3年21公布，並於97年7月1日起施行。為利地籍清理工作順利進行，內政部訂定「地籍清理實施計畫」，將應清理之土地及建物分年分類辦理清理，辦理期程自97年1月1日起至102年12月31日止。

• 按地籍清理條例第12條第1項規定：「依前條規定代為標售之土地，其優先購買權人及優先順序如下：..........三、共有土地之他共有人。四、本條例施行前已占有達十年以上，至標售時仍繼續為該土地之占有人。」揆諸上開第3款規定共有土地之他共有人於直轄市、縣(市)主管機關辦理代為標售土地時得主張優先購買權之立法意旨，乃係參照土地法第34條之1第4項規定，為簡化共有關係而設，其與第4款規定，係基於代為標售之土地，因所有權人不明，土地被占用或供他人使用之情形普遍，為解決問題，爰賦予合乎一定期間要件之占有人有優先購買權之意旨有別。故內政部於101年12月20日台內地字第1010385731號函所為「依地籍清理條例代為標售之土地，倘由土地共有人之一得標買受者，其他共有人應不得主張優先購買」之釋示，於占有人為得標人，而有其他占有人主張優先購買之情形不同，故不得參照援引適用。
• 按地籍清理條例第12條第1項各款所定同一順序優先購買權人有二人以上申請優先購買時，其處理原則於地籍清理未能釐清權屬土地代為標售辦法第13條已有明定，並依個案事實依法審認。